Walkenried wurde im Jahr 1085 erstmals erwähnt. Historischer Mittelpunkt ist das 1127 von Zisterziensern errichtete Kloster Walkenried. Die ursprünglich bewaldete Walkenrieder Sumpflandschaft wurde ab dem 12. Jahrhundert durch die Mönche des Klosters in eine reichhaltige Teichlandlandschaft mit einem fruchtbaren Ackerland umgewandelt. 365 Teiche wurden von den Mönchen angelegt, um der Überlieferung nach für jeden Tag des Jahres einen Teich zum Abfischen zur Verfügung zu haben. Heute sind allerdings nur 50 davon nachweisbar. Alle Teiche befinden sich in einem Natur- und Vogelschutzgebiet. Einige Teiche werden heute durch den örtlichen Sportfischereiverein bewirtschaftet.
Für den Braunschweiger Herzog August Wilhelm wurde von 1725 bis 1730 aus Abbruchsteinen des Klosters ein
Jagdschloss südlich des Klostergeländes durch Landesbaumeister Hermann Korb errichtet. Die festen Mauern, welche den Garten des Schlosses im Süden und Westen umfassen, stammen noch aus der Zeit, als sich vor dem Schlossbau das klösterliche Gestüt Wildenhof dort befand. Das erhalten gebliebene Jagdschloss Walkenried ist heute in Privatbesitz und wird als Hotelpension genutzt.
Deutschlandweit bekannt wurde der Ort nach dem Zweiten Weltkrieg, als sich hier zwischen Ellrich und Walkenried auf der sogenannten Südharzstrecke einer der bedeutendsten Eisenbahn-Grenzübergänge zwischen der britischen und der sowjetischen Besatzungszone befand.

Walkenried